Odjel za ekologiju, agronomiju i akvakulturu započeo je s radom 2006. godine kada su primljeni prvi djelatnici. Od 2010. godine kreće preddiplomski studij Primijenjena ekologija u poljoprivredi. Poljoprivrednoj proizvodnji pristupa se na način nešto drugačiji od dosadašnjih konvencionalnih, što uključuje integrirani i ekološki prihvatljiv pristup u uvjetima Mediterana. Naglasak je stavljen na ekološku komponentu i na gospodarenje, a ne iskorištavanje. S obzirom na važnost razvoja plavog sektora uz održivost, te zaštitu vodenih ekosustava, na Odjelu se izvodi i preddiplomski studij Podvodne znanosti i tehnologije koji je uspostavljen kroz EU projekt (TEMPUS JEP_41082_2006 Under water Science and Technologies). Nadalje, potaknuti potrebom za rastom i razvojem ribarstva i akvakulture na znanstvenim temeljima, uz održivost s obzirom na ekonomske i ekološke pokazatelje od 2017. godine se na Odjelu počinje izvoditi prvi diplomski studij Održivo upravljanje vodenim ekosustavima iz biotehničkog područja znanosti na Sveučilitu u Zadru.  Razvoj i pokretanje diplomskog studija bio je jedan od glavnih ciljeva EU projekta Blue Education for Sustainable Management of Aquatic Resources BLUE SMART dobivenog od Europskog fonda za pomorstvo i ribarstvo.

Uvažavajući dosadašnji razvoj Odjela te potrebu za daljnjim napretkom, Senat Sveučilišta u Zadru je u ožujku 2023. donio odluku o osnivanju Odsjeka za agroekologiju i zaštitu prirode i Odsjeka za istraživanje mora i akvakulturu na Odjelu za ekologiju agronomiju i akvakulturu. Odsjeci su započeli sa radom u lipnju 2023. izborom predstojnika Odsjeka.